Ján sa narodil 8. marca 1495 v obci Montemóro pri Evore, severne od Lisabonu (Portugalsko), v chudobnej rodine. Rodičia ho od malička vychovávali v kresťanských zásadách. Keď mal osem rokov, ušiel z domu. Hovorí sa, že ho nalákal okoloidúci, ktorý v ich dome jednu noc prenocoval. Cestoval do Španielska. Madrid vykreslil v takých nádherných farbách, že chlapec zatúžil sa tam dostať. Matka z náhleho zmiznutia syna ochorela a po troch týždňoch umrela. Otec potom vstúpil k františkánom. Chlapcov sprievodca ho však opustil, len čo prekročili španielsku hranicu. Ján si musel nájsť nejakú prácu, aby prežil. Prijal ho istý gazda za pastiera. Keďže Ján bol svedomitý a usilovný, gazda si ho obľúbil, neskôr dokonca chcel, aby si vzal jeho dcéru za ženu. No Ján túto ponuku odmietol, lebo už predtým spravil sľub čistoty. Aby nepodľahol jeho ponuke, dal sa v roku 1522 zapísať do armády. Dostal sa do skazeného prostredia vojakov. Síce nechcel nasledovať zlé počínanie, ale predsa to malo na neho vplyv – začal zanedbávať svoje náboženské povinnosti. Vtedy Boh na neho dopustil veľké súženie. Kvôli tomu, že nebolo v jeho silách ustrážiť vojnovú korisť tak, aby ju nerozkradli, stotník ho chcel obesiť. Už-už sa to malo stať, keď prišiel vyšší veliteľ a dal mu milosť s podmienkou, že opustí vojsko. Ján s radosťou a vďakou voči Bohu odišiel a vrátil sa späť do Oropesy ku gazdovi, kde aj predtým pracoval. Ten ho s radosťou prijal. No po štyroch rokoch znova začal s ponukami na sobáš. Ján sa zase dal zapísať do vojska, tentoraz na krížovú výpravu proti sultánovi Sulimanovi II., ktorý roku 1532 tiahol do Uhorska. No pri Viedni bol porazený a po bitke bolo španielske vojsko rozpustené. Ján sa cítil teraz celkom voľný a zaumienil si, že pôjde pozrieť domov rodičov. Bol veľmi prekvapený, keď našiel v rodičovskom dome neznámych ľudí. Po dlhom zisťovaní prišiel na to, čo sa stalo. Bolo mu to veľmi ľúto. Po niekoľkých dňoch odišiel do Sevilly, tam sa stal pastierom u istej grófky. No nemal pokoja. Odišiel do Afriky, aby sa mohol venovať kresťanským otrokom. Pracoval tam ako robotník a staral sa o jedného chorého šľachtica, ktorý tam bol vo vyhnanstve. Po čase však dostal povolenie vrátiť sa do Španielska, a tak sa vrátil a zobral so sebou aj Jána. Ján sa potom usadil v Granade a otvoril si kníhkupectvo.

V roku 1539 počul v Granade kázať apoštola Andalúzie Jána z Avily. Keď počul jeho slová, urobili naň veľký dojem. Nahlas sa rozplakal a utekal domov. Cestou volal o milosrdenstvo, trhal si vlasy a bradu a napokon sa hodil na zem a plakal. Potom utekal domov, vošiel do svojho kníhkupectva. Svetské knihy roztrhal a vyhodil, modlitebné knihy a obrázky rozdal chudobným. Potom rozdal všetko ostatné, čo mal. Keď už nemal čo rozdávať, pustil sa len v spodnom odeve po meste a prosil okoloidúcich, aby sa za neho modlili. Mestský dozor ho dal zavrieť do blázinca. Keď sa o tom dopočul Ján z Avily, navštívil ho a porozprával sa s ním. Až potom sa Ján utíšil. Upokojil sa natoľko, že mu dovolili chodiť po dome bez stráženia, mohol opatrovať iných a konal aj iné služby. Po čase ho prepustili, vrátil sa do Granady. Nemal nič. Každé ráno chodil na sv. omšu, potom išiel do lesa, nazbieral drevo, predal ho a za utŕžené peniaze kupoval chlieb a rozdával chudobným. V tých časoch bola v Španielsku veľká bieda. Jánove prostriedky nestačili. Bohatí mu však začali sami dávať almužnu, aby mohol robiť viacej dobra. Peňazí sa mu nazbieral toľko, že roku 1540 mohol postaviť v Granade nemocnicu so 47 posteľami. Našli sa však aj ľudia, ktorí ho ohovárali. On to pokorne znášal. Seba pokladal za najhoršieho spomedzi všetkých. Granadský arcibiskup mu pri istej príležitosti dal osobitné rúcho sivej farby. Poučil ho, že čnosť chudoby nespočíva v špinavých a roztrhaných šatách. Dal mu meno Ján z Boha. Tak vlastne vznikol rád Milosrdných bratov. K Jánovi sa pridružili aj viacerí. V roku 1548 založili nemocnicu v Tolede. V Granade zase upravil jeden opustený kláštor na útulok pre ľudí bez prístrešia. Pomáhal, kde mohol, nerobil žiadne rozdiely medzi ľuďmi.

Raz na jar išiel k rozvodnenej rieke Genil pri Granade, ktorá so sebou strhávala aj množstvo dreva. Dostal však zimnicu, preto sa chcel vrátiť domov. No zrazu zbadal, že rieka strhla akési dieťa. Rýchlo sa vrátil a skočil do studenej vody. Dieťa zachránil, no sám smrteľne ochorel. Musel si ľahnúť do postele. Vedel, že niet pomoci. Dal sa ešte na nosidlách nosiť od postele k posteli, aby videl každého zo svojich nemocných. Navštívil ho aj arcibiskup. Po prijatí sviatostí zomrel 8. marca 1550. Hoci sám nezamýšľal založiť rehoľu, ani nezostavil nejaké pravidlá pre svojich spoločníkov, po jeho smrti vznikla rehoľa so svojimi pravidlami, ktorú schválil pápež Pius V. v roku 1571 a potom Sixtus V. v roku 1586. Okrem troch sľubov – čistoty, chudoby a poslušnosti, členovia skladali ešte aj ďalší sľub – bezplatne opatrovať chorých, bez rozdielu vierovyznania. Ján z Boha bol vyhlásený za svätého roku 1690. Jeho telesné pozostatky odpočívajú v katedrále v Granade, ktorá je mu zasvätená.